Da beim ökologischen Anbau die Nutzung chemisch-synthetischer Dünge- und Pflanzenschutzmittel untersagt ist, gibt es so gut wie keine entsprechenden Rückstände auf Bio-Lebensmitteln. Der Verzicht auf die chemischen Helfer nützt auch dem Grundwasser. Es wird weit weniger belastet als durch den Anbau von konventionellen Lebensmitteln. Im Bio-Anbau ist der Einsatz von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) gänzlich verboten.
In der Europäischen Union sind zwar rund 300 Substanzen als Zusatzstoffe in Lebensmitteln zugelassen; im Bio-Anbau dürfen jedoch lediglich 36 Stoffe genutzt werden.
Angebaut werden vor allem alte robuste Getreidesorten, die dem Standort angepasst sind. Oft wird anfallendes Unkraut sogar noch per Hand gejätet. Gegen viele Schädlinge gibt es althergebrachte oder auch ganz moderne ökologisch verträgliche Methoden. Eigentlich "unerwünschte" Pflanzen – Ackerbeikräuter wie Mohn, Kornblumen oder Kamille – dürfen bleiben und werden nicht chemisch vernichtet. Daher sehen Bio-Äcker bunter aus.
Bio-Landwirte arbeiten bodenschonend. So werden Stabilität und biologische Vielfalt des Bodens erhalten. Bodenerosion wird verhindert, das Wasserhaltevermögen verbessert und die Fruchtbarkeit erhalten bzw. gefördert.
Tiere werden möglichst artgerecht gehalten: Sie haben ausreichend Auslauf, dürfen selbst grasen und sich ausgiebig suhlen. Der Einsatz von Wachstumsbeschleunigern ist untersagt, der von Antibiotika streng geregelt. Dies ist besonders wichtig in Bezug auf vermehrt auftretende Antibiotika-Resistenzen – auch beim Menschen.
