Seit der Einführung des neuen EU-Bio-Logos im Juli 2010 findet man dieses Zeichen auf vorverpackten, verarbeiteten Bio-Lebensmitteln. Die Übergangsfrist betrug zwei Jahre – so lange hatten die Lebensmittelverarbeiter Zeit, ihre alten Verpackungen aufzubrauchen. Seit dem 1. Juli 2012 ist die Nutzung des EU-Bio-Logos verbindlich.
Alle Lebensmittel, die das EU-Bio-Logo tragen, wurden nach den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau hergestellt. Mindestens 95 Prozent der landwirtschaftlichen Inhaltsstoffe müssen nach diesen Rechtsvorschriften hergestellt worden sein. Das EU-Bio-Logo ist nur bei vorverpackten Bio-Lebensmitteln vorgeschrieben, unverpackte Bio-Lebensmittel dürfen das Zeichen tragen, müssen es aber nicht.
Um nachvollziehen zu können, woher die landwirtschaftlichen Bio-Rohstoffe des Produkts stammen, ist eine Herkunftskennzeichnung auf dem Etikett vorgeschrieben. Stammen alle Bio-Zutaten aus der Europäischen Union (EU), so heißt es "EU-Landwirtschaft", stammen sie nicht aus der EU, steht "Nicht-EU-Landwirtschaft" auf der Verpackung und bei Angabe der Bezeichnung "EU-/Nicht-EU-Landwirtschaft" kommen die Bio-Rohstoffe aus der EU und aus Drittländern. Falls mindestens 98 Prozent der Ausgangsstoffe des Bio-Produktes aus einem Land stammen, kann der Name des entsprechenden Landes genutzt werden.
Anhand der Codenummer, zum Beispiel "DE-Öko-100", kann man die Öko-Kontrollstelle des Letztverarbeiters ausfindig machen. Dies ist wichtig für die Rückverfolgbarkeit, zum Beispiel bei Produktbeanstandungen. Die Codenummer muss bei allen Bio-Lebensmitteln angegeben sein.
Das sechseckige Logo darf weiterhin neben dem EU-Bio-Logo verwendet werden. Es hat dieselbe Bedeutung, ist jedoch älter und daher bekannter. Allerdings ist die Verwendung des deutschen Bio-Siegels freiwillig und die des EU-Bio-Logos bei vorverpackten, verarbeiteten Bio-Lebensmitteln verbindlich.
