Für Muttersaft werden die Früchte gepresst, gekeltert und die groben Schwebstoffe filtriert. Wenn möglich wird der Saft sofort abgefüllt. Ist eine umgehende Abfüllung nicht gegeben, wird der Saft steril gelagert und dann pasteurisiert, um Keime und Bakterien abzutöten. Außerdem soll die unerwünschte Gärung verhindert werden.
Der Begriff "Muttersaft" ist nicht rechtlich geschützt. Er wird hauptsächlich als Qualitätsmerkmal verwendet, um den Unterschied zu Saft aus Konzentrat herauszustellen.
Muttersaft ist oft trüb, und auch deswegen schmeckt er besonders intensiv: Die an die Schwebeteilchen gebundenen Geschmacksstoffe sind im Muttersaft noch enthalten. Da Früchte nicht immer genau gleich schmecken, ist es schwierig, Direktsaft mit standardisiertem Geschmack und Farbe zu erhalten.
Nicht jeder Muttersaft eignet sich dazu, als Direktsaft getrunken zu werden. Es gibt nur wenige Früchte, deren Saft ohne Zusatz von Wasser oder Zucker wohlschmeckend ist. Ist das der Fall, wird der Direktsaft ohne weitere Behandlung abgefüllt. Zu diesen Früchten zählen Orangen und Äpfel. Es gibt aber auch Früchte, deren Saft als Ursaft zu intensiv oder sauer schmeckt. Dieser Fruchtmuttersaft wird selten pur getrunken, sondern bildet die Grundlage für Nektare oder Mixgetränke. Beispiele hierfür sind Johannisbeeren, Sauerkirschen oder auch Schlehen und Sanddorn.